Ingeniero Agrónomo Zootecnista del Instituto Tecnológico de Estudios Superiores de Monterrey, Campus Monterrey. Juan Antonio Hinojosa inicia sus labores profesionales en la empresa AGROASEMEX, empresa federal encargada de seguros agrícolas en México, en la cual se laboró por cuatro años como Jefe de Oficina del Seguro Agrícola por Planta a inicios de los 90’s. En 1995 recibe la invitación por parte del Banco de Crédito Rural del Noreste para participar como Asesor de la Gerencia General del Regional. En 1996 es promovido como Subgerente Regional de Estudios dentro de la Dirección de Planeación y Presupuesto del Banco Regional, cargo que desempeñó hasta mediados de 1999.

En Agosto de 1999 el Ing. Hinojosa recibe la invitación para trabajar como broker dentro de la empresa FCStone (FCC en ese entonces) en la ciudad de Kansas City, MO., atendiendo a empresas ubicadas en México, Centroamérica y Colombia operando instrumentos derivados para la administración de riesgo, principalmente en los mercados de maíz, trigo, complejo soya, ganado y peso mexicano. En Abril del 2003 recibe una invitación por parte del Gobierno Mexicano para laborar como Jefe de Asesores del Director en Jefe de ASERCA (Apoyos y Servicios a la Comercialización Agropecuaria), creando las bases del programa de Agricultura por Contrato.

En Octubre del 2004, se reintegra como Senior Risk Management en la División América Latina. A partir de Agosto del 2010, INTL FCStone expande sus operaciones, adquiere a la empresa Hencorp Futures, fortalecen la División y se reubica a la ciudad de Miami, donde continúa laborando como Vicepresidente del Grupo que atiende Latinoamérica, desarrollando programas de administración de riesgo atendiendo tanto a productores como a comercializadores y consumidores finales de toda Latinoamérica.